L’indemnisation complémentaire par l'employeur en cas d’arrêt maladie répond à des règles strictes mêlant dispositions légales et conventionnelles. Dans cet article nous vous proposons de comprendre les règles du maintien de salaire en arrêt maladie pour sécuriser vos pratiques RH.
Comprendre l’indemnisation complémentaire légale
En cas d’arrêt maladie, l’employeur peut être tenu d’assurer une indemnisation complémentaire venant s’ajouter aux indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS). Ce complément permet d’assurer au salarié un maintien de tout ou partie de sa rémunération pendant son absence.

L’obligation de maintien de salaire ne s’applique que si le salarié remplit l’ensemble des conditions prévues par les articles L.1226-1 et D.1226-8 du Code du travail.
Pour être indemnisé, le salarié doit :
- Justifier d’au moins 1 an d’ancienneté au premier jour de l’arrêt de travail.
- Transmettre le justificatif médical dans un délai de 48 heures, sauf pour les victimes d’actes de terrorisme (article L.1226-1 du Code du travail, et article L.169-1 du Code de la sécurité sociale).
- Être pris en charge par la Sécurité sociale et recevoir les soins en France, dans l’UE ou dans l’EEE.
- Accepter une éventuelle contre-visite médicale diligentée par l’employeur.
Certains salariés ne bénéficient pas du dispositif prévu par le Code du travail (article L.1226-1 du Code du travail) :
- les travailleurs à domicile,les saisonniers,les intermittents,les intérimaires,
- ainsi que le personnel navigant régi par le Code des transports (Cass. soc., 29 janvier 2025, n° 23-21.790).
Attention : Le salarié doit également s’abstenir de toute activité non autorisée pendant son arrêt maladie. En cas de non-respect, il risque de perdre ses IJSS ainsi que son indemnisation complémentaire versée par l’employeur.
Indemnisation prévue par la convention collective
En matière de maintien de salaire pendant un arrêt maladie, la plupart des conventions collectives prévoient des avantages supérieurs aux garanties légales. C’est par exemple le cas de la Convention collective SYNTEC-CINOV.
Elles peuvent notamment offrir :
- une ancienneté minimale réduite pour ouvrir droit au maintien de salaire ;
- un délai de carence diminué ou supprimé ;
- une indemnisation plus élevée que celle prévue par le Code du travail ;
- une durée de maintien de salaire prolongée.

Pour savoir si la convention collective apporte réellement un avantage, il est indispensable d’effectuer une analyse globale des dispositions applicables (Cass. soc., 17 janv. 1996, n° 93-20.066). Une fois cette analyse réalisée, l’employeur peut appliquer exclusivement le dispositif légal ou conventionnel.
Une solution plus prudente mais aussi plus coûteuse pour éviter tout contentieux consiste à comparer, critère par critère, la situation du salarié malade, et à appliquer pour chaque point la règle la plus favorable entre les dispositions légales et les dispositions conventionnelles.
Délais de carence et indemnisation
Délais de carence
Lors d’un arrêt de travail pour maladie, l’indemnisation complémentaire de l’employeur ne débute qu’à partir du 8ᵉ jour d’absence, qu’il soit ouvré ou non (article D.1226-3 du Code du travail). Le délai de carence de 7 jours se calcule donc en jours calendaires, sauf si une convention collective prévoit des conditions plus favorables pour le salarié.
Du côté de la Sécurité sociale, le délai de carence est de 3 jours. Ainsi :
- du 1er au 3ᵉ jour, le salarié ne perçoit aucune indemnité ;
- du 4ᵉ au 7ᵉ jour, il reçoit uniquement les IJSS ;
- à partir du 8ᵉ jour, il bénéficie du cumul IJSS + indemnisation complémentaire de l’employeur.
En cas de maladie professionnelle ou d’accident du travail, le salarié est indemnisé dès le 1er jour, sans délai de carence.
Indemnisation complémentaire : montant et durée
L’indemnisation complémentaire versée par l’employeur se décompose en deux phases (article D.1226-1 du Code du travail):
- 90 % du salaire brut pendant les 30 premiers jours ;
- 2/3 du salaire brut (66,66 %) pendant les 30 jours suivants.
Pour calculer l’indemnisation, l’employeur doit tenir compte des indemnités déjà versées durant les 12 mois précédents. Le changement d’année civile n’ouvre pas de nouveaux droits à indemnisation au titre du régime légal (Cass. soc., 28 avr. 1994, n° 92-43394).

Salaire de référence : définition et éléments pris en compte
Salaire de référence
Le salaire de référence correspond à la rémunération brute que le salarié aurait perçue s’il avait continué à travailler pendant son absence. Il sert de base au calcul de l’indemnisation légale en cas d’arrêt maladie.
Sont notamment pris en compte :
- prime d’ancienneté ;
- heures complémentaires ;
- heures supplémentaires habituelles ;
- primes régulières (prime de nuit, prime de panier quand elle constitue un complément de rémunération…).
La rémunération variable doit également être intégrée dans le salaire de référence, conformément à la jurisprudence et à la position de l’administration (Cass. soc., 5 juin 2019, n° 18-12862 ; Cass. soc., 29 sept. 2021, n° 20-11663 ; circulaire ministérielle du 27 juin 1978, § 3.7).
En revanche, les primes liées exclusivement à la présence comme la prime d’assiduité ne sont pas intégrées.
Maintien de salaire : brut ou net ?
La garantie légale de rémunération correspond à un pourcentage du salaire brut (article D.1226-1 du Code du travail).
Cependant, les conventions collectives peuvent prévoir : un maintien total du salaire ou un maintien partiel, calculé sur le salaire net ou le salaire brut. Le salaire net à maintenir est alors celui avant prélèvement à la source (PAS) de l’impôt sur le revenu.
Régime social, fiscal et subrogation
Régime social
Les indemnités complémentaires sont soumises :
- aux cotisations sociales classiques,
- à la CSG/CRDS,
- et entrent dans l’assiette des revenus d’activité.
Régime fiscal
Elles sont imposables au même titre qu’un salaire.
Subrogation
Lorsque l’employeur maintient le salaire :
- s’il maintient intégralement le brut, il est subrogé de plein droit pour percevoir les IJSS ;
- en maintien partiel, la subrogation est possible si le montant versé au salarié est au moins égal aux IJSS.
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FAQ
Comment calculer l’ancienneté pour l’indemnisation complémentaire ?
L’ancienneté s’apprécie au premier jour de l’arrêt maladie.
Un salarié sans un an d’ancienneté peut-il être indemnisé ?
Oui, si la convention collective prévoit un dispositif plus favorable.
Que se passe-t-il si la CPAM refuse de verser les IJSS ?
Si la convention prévoit un maintien sous déduction des IJSS, l’employeur doit tout de même verser l’indemnité.
L’employeur doit-il inclure les primes variables dans le salaire de référence ?
Oui, lorsque ces primes constituent une composante régulière et significative de la rémunération.
La CSG/CRDS sur les IJSS est-elle à la charge de l’employeur ?
Non : sauf exception conventionnelle, la CSG/CRDS reste à la charge du salarié.








